San Pedro Puruátiro de localiza en las coordenadas 19.8333333° de latitud, -101.475° de longitud y una altitud de 2020 metros.
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Orografía
Su relieve lo constituye el sistema volcánico transversal, sierra de Zirate y cerros.
Hidrografía
Se constituye por manantiales de agua fría.
Clima
Su clima es templado, con precipitación pluvial anual de 958.0 milímetros y con temperaturas que oscilan de 9.3º a 23.5 º centígrados.
Características y uso del suelo
Los suelos del municipio datan de los períodos cenozoico, cuaternario, terciario y piloceno; corresponden principalmente a los del tipo podzólico. Su uso es primordialmente agrícola y en menor proporción ganadero y forestal.San Pedro Puruátiro de localiza en las coordenadas 19.8333333° de latitud, -101.475° de longitud y una altitud de 2020 metros.