En San Pedro Puruátiro podemos encontrar una gran variedad de árboles de clima templado frio, como por ejemplo:

• Oyameles. Compuestos por la especie Abies religiosa, pudiendo encontrar incluso cedro blanco, táscate o sabino.
• Madroños. La cual es una especie de latifoliadas.
• Encinos. Como encino de asta, encino albellano, encino chicharron y encino rosillo.
• Pinos. Como el pino lacio, pino chino, pino escobetón, ocote, pino ortiguillo, pino coyote y pino triste.

Las especies de pino se pueden considerar sobresalientes tomando en cuenta su valor comercial. Las de latifoliadas y las de encino resultan útiles en la fabricación de pisos, tarimas, duelas, utencilios e incluso en artesanías.

Especies como casahuates y nopales son tambien comunes.

Fauna.

Pueden encontrase Venados en los montes, asi como coyotes, tejones, tuzás, ardillas, conejos, liebres, armadillos, zorrillos, tlacuaches, gato montés, gallina de monte, torcaza y tórtola, y una gran variedad de pájaros. A si como reptiles como coralillo, alicantes, chirrioneras y víboras de cascabel.